Die Sonderprüfung ist ein Instrument zur Aufklärung von Sachverhalten, die Grundlage von Ersatzansprüchen gegen Organmitglieder sein können. Zentraler Protagonist ist dabei der von der Hauptversammlung oder dem Gericht bestellte Sonderprüfer. Ihm obliegt es, die notwendigen Tatsachen zu ermitteln und in einem schriftlichen Bericht zusammenzufassen. Dabei ist er zu strenger Neutralität verpflichtet, was sich unter anderem darin zeigt, dass Abstimmungen oder gar Ergebnisbesprechungen mit dem Vorstand unzulässig sind.
Die Aktionäre sollen eine unabhängige und von der Sichtweise der Organmitglieder unbeeinflusste Stellungnahme erhalten.
Zur Publizität des Sonderprüfungsberichts bestimmt das Gesetz, dass der Bericht dem Vorstand und dem Registergericht vorzulegen ist (§ 145 Abs. 6 Satz 3 AktG). Der Vorstand hat den Bericht dem Aufsichtsrat vorzulegen und bei der nächsten Hauptversammlung zur Tagesordnung bekannt zu machen (§ 145 Abs. 6 Satz 5 AktG). Aktionäre haben zudem Anspruch auf Erteilung einer Abschrift (§ 145 Abs. 6 Satz 3 AktG).
Ein Spannungsverhältnis zu den vorgenannten Publizitätsregeln ergibt sich daraus, dass die Gesellschaft ein Interesse an der Geheimhaltung bestimmter Tatsachen haben kann, die Inhalt des Sonderprüfungsberichts und damit für Aktionäre und Dritte zugänglich werden. Das Aktiengesetz erkennt dieses Schutzbedürfnis für die Fälle, in denen der Sonderprüfer nicht gerichtlich nach § 142 Abs. 2 AktG bestellt wurde, an und stellt in § 145 Abs. 4 und 5 AktG das sogenannte Schwärzungsverfahren zur Verfügung. Auf Antrag des Vorstands kann das Gericht gestatten, dass bestimmte Tatsachen nicht im Bericht aufgenommen werden. Die in § 145 Abs. 4 AktG näher beschriebenen Anforderungen sind allerdings hoch. Der in § 145 Abs. 6 Satz AktG niedergelegte Grundsatz, dass auch solche Tatsachen in den Bericht aufgenommen werden müssen, die der Gesellschaft zum Nachteil gereichen können, soll durch das Schwärzungsverfahren nicht in sein Gegenteil verkehrt werden. Andererseits kann das Schwärzungsverfahren seine Schutzwirkung nur entfalten, wenn das Verfahren noch vor der registerrechtlichen Publizität durchgeführt werden kann.